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1日再次审讯细菌战防御负责人井上降朝时，他说，军医学校的研究记录在遭受空袭中90%以上业已烧毁，巳不可能找到。但是，到了11月，新潟支部送来了记录的复制件，弄清了遗留下来的问题。1988年8月，山中恒先生发现了《陆岸军医学校防疫研究报告》中的第二部10号至947号，共61册（《朝日新闻》，1988年8月21日）。报告包括大量培养霍乱、鼠疫菌以及大量提炼河豚毒等内容，揭露出隐藏在731部队后面的防疫研究室的真实情况。此外，《研究报告》中包括了石井四郎于1940年3月30日在军医学校召开军医药物学会议上所作的演讲记录（第99号）。据此，认定固定防疫机构是关东军防疫给水部（哈尔滨部队长石井四郎，在编人员为1836人，1936年8月11日组成），除此之外，还有五个机构：华北防疫给水部（北京）、华中防疫给水部（南京）、华南防疫给水部（广东）以及“陆军军医学校防疫给水部研究室”（部队长石井四郎，东京在编人员310人，1933年4月1日组成），从而弄清了东京防疫研究室和防疫给水部的关系。另外，还有22支机动防疫机构，其中一支就是参与诺门坎事件的加茂部队（部队长石井四郎，在编人员为995人，1939年6月21日组成，已复员）。
由于对陆军军医学校有关人员的审讯“是完全不能令人满意的”，桑德斯又审讯了陆军省医务局局长神林浩和海军省医务局局长保利信明。在9月25日的审讯中，神林给桑德斯留下了“非常合作的强烈印象”。事实上，10月2日他提供的731部队的基本资料：即部队的规模（本部、支部的驻地）、命令系统图、部队任务、本部组织机构图（731部队（平房）各部部长姓名以及牡丹江、林口、孙吴、海拉尔、大连各支队的支队长姓名），还有疫苗和血清的生产能力等，给人的印象是“在整个日军中细菌研究只不过是没有价值的小规模”而已。没有提出超过防御性实验的资料。内藤良一在10月6日的审讯中最早说“平房研究所的任务，从一开始就是将细菌战武器作为实战武器来研制的”。同时，结合示意图说明在平房建立这支部队的经过，以及“宇治”型炸弹、“波”型炸弹、“吕”型炸弹和母子炸弹等细菌武器的种类，桑德斯评价说：“这是初次揭示了日军细菌战计划的规模”，“今后的课题在于能否取得这些资料”，从而产生了获取这些资料的积极性。10月7日又就各种炸弹详情审讯了金子顺一。金子是一个到1941年为止在平房工作了三年半，后来又调至东京军医学校工作的人物。
1945年10月8日，增田知贞从哈尔滨回到东京。审讯取得了很大的进展，开始摸到部队的核心部分。之所以这样说，是因为增田是石井四郎的心腹，如果日本没有战败的话，继石井、北野之后，他会成为731部队的第三代部队长，是一个了不起的干部。10月9日，增田在接受桑德斯审讯时交代说，“在731部队秘密地进行细菌战的研究”，“研究攻击性细菌战的部门为了保密，相互之间是不能进行协作的”。从增田的经历来看，在军医学校任教官（1931-1932年，1941-1943年）和在731部队（1937-1939年，1945年4月至战争结束）工作，是交叉在一起的，说明平房的部队和东京的军医学校之间有着极为密切的关系。由于增田患急性疟疾，使第一次审讯陷于中断。三天以后的10月11日和16日又进行了审讯。增田本人吹牛说：“只有石井和我，才了解有关细菌战活动的全貌。”（10月8日）增田的口供成了“桑德斯报告”的核心。也就是说，他详细地供述了在平房用于实验的病原体种类、培养基、大量生产的方法、生存能力的研究、水井污染、动物实验、细菌喷雾（烟雾剂）、从飞机上直接撒布以及部队感染事故等
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